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王存新 (王存新.) | 宋伟 (宋伟.) | 陈慰祖 (陈慰祖.)

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CQVIP PKU CSCD

Abstract:

介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法.通过分子转换法,使蛋白质分子(包括水分子)与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强)至完全消失(或完全出现). 运用体约束方法,计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化.以胰蛋白酶双突变体(D189G/G226D)与极性配体苯甲脒为例,研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响,该复合物绝对结合自由能的模拟结果(-15.5 kJ/mol)与实验值(-10.5 kJ/mol)相近.

Keyword:

蛋白质-配体复合物 分子转换法 结合自由能 热力学积分法

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  • [ 1 ] [王存新]北京工业大学
  • [ 2 ] [宋伟]北京工业大学
  • [ 3 ] [陈慰祖]北京工业大学

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Source :

生物化学与生物物理进展

ISSN: 1000-3282

Year: 2003

Issue: 1

Volume: 30

Page: 143-146

0 . 3 0 0

JCR@2022

ESI Discipline: BIOLOGY & BIOCHEMISTRY;

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