基于创新价值链视角,将高校科技创新分为知识创新阶段、科研创新阶段和创新收益阶段.运用超效率SBM模型分析2005-2017年中国29个省(区、市)高校科技创新效率,进而以北部综合经济区、黄河中游综合经济区和中国整体为例,分析其三阶段效率演化动态趋势.研究发现:(1)中国高校科技创新各阶段效率及总体效率偏低,且创新效率高的省份与效率低的省份差距愈来愈大;(2)各阶段中,知识创新效率＞科研创新效率＞创新收益效率;(3)区域间高校科技创新效率存在明显的阶段性和差异性,黄河中游、东部沿海、长江中游等综合经济区知识创新阶段创新效率较高,东部沿海、南部沿海和北部沿海等综合经济区科研创新阶段创新效率较高,南部沿海、北部沿海等综合经济区创新收益阶段创新效率较高.针对现阶段中国高校在科技创新过程中存在的不足问题,提出要做到以下几点:加大政府财政支出中科教的比重,缩短专利申请授权周期,降低创新收益税率,实现价值链间各创新活动的有效衔接,加强区域间创新活动交流.