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陆林 (陆林.) | 刘洋 (刘洋.) | 李春华 (李春华.)

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本文对来自PDB (Protein Data Bank)数据库的蛋白质-RNA复合物结构构建了非冗余非核糖体数据库(694个结构),并对此数据库统计了蛋白质和RNA序列及二级结构的界面偏好性.结果发现,蛋白质β折叠、310-helix和RNA未配对核苷酸,尤其是未配对中空间排列不规整的核苷酸,具有显著的界面偏好性.据此,对二级结构进行归类,建立了考虑序列和二级结构信息的60x12氨基酸-核苷酸成对偏好势,并将其作为打分函数用于蛋白质-RNA对接中近天然结构的筛选.结果表明,该60×12统计势的打分成功率为65.77%,优于考虑蛋白质或RNA二级结构信息的统计势,及我们小组之前在251个结构上构建的60×8*统计势.该工作有助于加深对蛋白质-RNA特异性识别的理解,可推动复合物结构预测的进展.

Keyword:

二级结构 统计势 蛋白质-RNA相互作用 分子对接 界面偏好

Author Community:

  • [ 1 ] [陆林]北京工业大学环境与生命学部,北京100124
  • [ 2 ] [刘洋]北京工业大学环境与生命学部,北京100124
  • [ 3 ] [李春华]北京工业大学环境与生命学部,北京100124

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Source :

生物化学与生物物理进展

ISSN: 1000-3282

Year: 2020

Issue: 7

Volume: 47

Page: 634-644

0 . 3 0 0

JCR@2022

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