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徐嘉豪 (徐嘉豪.) | 冀俊忠 (冀俊忠.) (学者:冀俊忠) | 杨翠翠 (杨翠翠.)

收录:

CQVIP PKU CSCD

摘要:

为了得到更好的蛋白质功能模块,揭示蛋白质的功能,利用蝙蝠算法对蛋白质相互作用网络(PPINs)进行功能模块检测.每个蝙蝠个体所在的位置代表一种候选的功能模块划分,将PPIN中每个蛋白质节点与其所有邻居节点组成邻居有序表,采用在邻居有序表中随机游走的编码方式进行种群的初始化;在种群优化过程中,设计定向局部扰动、随机扰动、基于距离和频率的自适应变异、自然选择4种寻优机制来进行解的随机优化.在5个不同规模的酵母菌PPIN数据集上,将所提出方法与6种经典算法进行对比实验.结果表明,所提出方法检测到的功能模块中有较多模块与标准模块相匹配,并且所提出算法在覆盖率、召回率、灵敏度、正的预测率、准确度评价指标...

关键词:

功能模块检测 扰动 自然选择 自适应变异 蛋白质相互作用网络(PPIN) 蝙蝠算法

作者机构:

  • [ 1 ] 北京工业大学多媒体与智能软件技术北京市重点实验室

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来源 :

浙江大学学报(工学版)

年份: 2019

期: 08

卷: 53

页码: 1618-1629

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