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温建鑫 (温建鑫.) | 王学栋 (王学栋.) | 李晓琴 (李晓琴.) | 常宇 (常宇.)

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摘要:

本文选取癌症基因组图谱数据库的乳腺癌样本作为数据集,在全基因组的水平上研究乳腺癌病人从正常到发病Ⅰ期基因表达的变化,寻找与乳腺癌发病密切相关的特征基因,建立乳腺癌发生的模式识别分类方法,为乳腺癌预防及早期诊断提供理论支持.研究中,综合利用相关性、t检验、置信区间等统计学方法,建立乳腺癌发生特征基因筛选方法,获得与乳腺癌发生具有显著性差异的特征基因336个.通过机器学习方法建模,得到的分类准确率能达到98%以上,与之前乳腺癌相关的研究相比,准确率更高.同时采用KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析得到与基因显著相关(P<0.05)的通路有8个,GO(gene ontology)基因功能富集分析显示与基因显著相关(P<0.05)的功能有18个.最后对映射在8个通路中的一部分基因进行简要功能分析,说明了其在调控水平上的密切关系,表明识别的特征基因在乳腺癌的发生过程中有重要的作用,这对了解乳腺癌发病机理以及乳腺癌的早期诊断非常重要.

关键词:

乳腺癌 肿瘤预测 基因表达 模式识别 早期诊断

作者机构:

  • [ 1 ] [温建鑫]北京工业大学
  • [ 2 ] [王学栋]北京工业大学
  • [ 3 ] [李晓琴]北京工业大学
  • [ 4 ] [常宇]北京工业大学

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来源 :

生物化学与生物物理进展

ISSN: 1000-3282

年份: 2017

期: 11

卷: 44

页码: 1016-1025

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