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张业晓 (张业晓.) | 李晓琴 (李晓琴.)

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摘要:

蛋白质折叠规律研究是生命科学领域重要的前沿课题之一,蛋白质折叠类型分类是折叠规律研究的基础.本研究以SCOP数据库的蛋白质折叠类型分类为基础、以Astral SCOPe 2.05数据库中相似性小于40%的α、β、α+β及α/β类所属的折叠类型为研究对象,完成了989种蛋白质折叠类型的模板构建并形成模板数据库;基于折叠类型设计模板建立了蛋白质折叠类型分类方法,实现了SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动化分类.家族模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:95.00%、99.99%、0.94与90.00%、99.97%、0.92,折叠类型模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:93.71%、99.97%、0.91与86.00%、99.93%、0.87.结果表明:模板设计合理,可有效用于对已知结构的蛋白质进行分类.

关键词:

分类方法 折叠设计合理 模板数据库

作者机构:

  • [ 1 ] [张业晓]北京工业大学
  • [ 2 ] [李晓琴]北京工业大学

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来源 :

生物信息学

ISSN: 1672-5565

年份: 2017

期: 2

卷: 15

页码: 78-83

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