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作者:

宗立平 (宗立平.) | 李晓琴 (李晓琴.)

收录:

CQVIP CSCD

摘要:

蛋白质折叠类型识别是蛋白质结构研究的重要内容,折叠类型分类是折叠识别的基础.通过对AS-TRAL-1.65数据库α类蛋白质所属折叠类型进行系统研究,建立蛋白质折叠类型模板数据库,提取反映折叠类型拓扑结构的模板特征参数,根据模板特征参数和TM-align结构比对结果,建立基于特征参数的打分函数Fd-score,并实现α类蛋白质折叠类型自动化分类.使用相同数据集样本,将Fdscore分类方法与TM-score分类方法对比,Fdscore分类方法的平均敏感性、平均特异性、MCC值分别为71.86%、99.49%、0.69,均高于TM-score分类方法相对应结果.上述结果表明该分类方法可用于α类蛋白质折叠类型的自动化分类.

关键词:

Fdscore α类蛋白质 打分函数 折叠类型 自动化分类

作者机构:

  • [ 1 ] [宗立平]北京工业大学生命科学与生物工程学院,中国北京,100124
  • [ 2 ] [李晓琴]北京工业大学生命科学与生物工程学院,中国北京,100124

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来源 :

生命科学研究

ISSN: 1004-0374

年份: 2016

期: 5

卷: 20

页码: 381-388

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