目的：探讨不同细胞培养方法对乳腺癌　MDA-MB-231细胞全基因组DNA甲基化状态的影响，阐明基因组甲基化状态与细胞生长环境的关系及其在肿瘤发生发展中的作用。方法：采用二维（2　D）、三维（3　D）细胞培养模型及小鼠肿瘤细胞原位移植（Ti）模型培养　MDA-MB-231细胞并收集，分别用　DNA提取试剂盒对收集的细胞进行DNA提取，DNA甲基化芯片检测3种模型培养后乳腺癌　MDA-MB-231细胞全基因组　DNA甲基化状态，应用　Genomestudio软件计算每1个基因CpG位点的β值、DiffScore和Delta＿Beta，并在2种模型之间比较，筛选出差异甲基化基因；采用　DAVID在线分析工具对筛选的基因进行　GO和　Pathway分析。结果：3D与2D模型培养的　MDA-MB-231细胞共发现480个差异甲基化基因（P＜0.05），3D与　Ti模型有86448个差异甲基化基因（P＜0.05），Ti与2D模型有90005个差异甲基化基因（P＜0.05）；3D与2D、3D与Ti和Ti与2D模型的差异甲基化基因在多细胞生物体发育和细胞分化条目上有富集（P＜0.05）；亦在　MAPK信号通路、细胞黏附分子和肌动蛋白骨架调节通路上有富集（P＜0.05）。结论：采用2D、3D和　Ti　模型3种方法培养　MDA-MB-231细胞其全基因组DNA甲基化状态存在差异。