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马帅 (马帅.) | 王勤 (王勤.) | 李晓琴 (李晓琴.)

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摘要:

蛋白质折叠规律的研究是生命科学重大前沿课题之一,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。本文基于LIFCA数据库,选取样本量大于2的55种α/β类蛋白质折叠类型为研究对象。结合蛋白质折叠类型的定义及其保守拓扑结构特征,确定了55种蛋白质折叠类型的模板及其对应的特征参数。建立了基于模板的打分函数Mul-Fscore,并结合二级结构参数信息,给出了55种α/β类蛋白质折叠类型的多模板分类方法。用此方法对LIFAC数据库中的931个样本进行检验,分类结果的平均特异性、平均敏感性、MCC值分别为99.58%、79.47%、79.39%。与TM-score分类结果对比发现,Mul-Fscore分类的敏感性与MCC值好于TM-score的相应结果,平均特异性相近。

关键词:

打分函数 LIFCA数据库 折叠类型分类 α/β类蛋白质

作者机构:

  • [ 1 ] [马帅]北京工业大学
  • [ 2 ] [王勤]北京工业大学
  • [ 3 ] [李晓琴]北京工业大学

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来源 :

生物信息学

ISSN: 1672-5565

年份: 2014

期: 2

页码: 123-132

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