结合多种生物数据分析蛋白质相互作用网络（Protein-Protein　Interaction　Network，PPIN）中的功能模块结构，是目前蛋白质功能计算分析领域亟待解决的难题之一。本文提出了一种基于聚合非负矩阵分解（Collective　Non-neg-ative　Matrix　Factorization，CoNMF）的多视图一致性功能模块检测方法，该方法同时逼近多视图数据，寻找统一的最优解达到对原多数据的最优近似。根据该统一解得到功能模块关系，同时该方法能够找到可重叠性的功能模块。实验结果显示本文所提出算法通过融合基因本体、基因表达谱与PPIN数据，在模块检测准确度上有一定提高，检测出的蛋白质功能模块具有真实生物意义。