战略性新兴产业创新研究中长期忽略创新效果和产业竞争力问题，应用SFA方法将创新效率分为技术创新效率和创新产品转化效率两个阶段，分别以专利数量和新产品利润作为产出进行综合分析使结果更为全面。并以北京市信息技术和医药两大代表性战略性新兴产业为例对其创新效率进行了比较分析。研究表明，信息技术产业创新效率逐年快速提升，但科研人员水平和配置出现瓶颈，不利于高水平创新发展。医药产业虽然技术创新效率较高，但创新产品转化效率较低，产业缺乏市场竞争力和创新动力。最后，分别提出了应对两产业现状的不同对策，为政府判断产业创新政策扶持效果以及根据产业发展阶段转换政策重点提供依据。