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作者:

孔令强 (孔令强.) | 李晓琴 (李晓琴.)

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摘要:

蛋白质折叠类型分类是蛋白质分类研究的重要内容.以SCOP数据库中的PH domain -like barrel折叠类型为研究对象,选择序列相似度小于25%的61个样本为检验集,通过结构特征分析,确定了该折叠类型的模板及其对应的特征参数,利用模板与待测蛋白的空间结构比对信息,提出了一个新的折叠类型打分函数Fscore,建立了基于Fscore的蛋白质折叠类型分类方法并用于该折叠类型的分类.用此方法对Astral1.75中序列相似度小于95%的16711个样本进行检验,分类结果的特异性为99.97%.结果表明:特征参数抓住了折叠类型的本质,打分函数Fscore及基于Fscore建立的分类方法可用于PH domain - like barrel蛋白质折叠类型自动分类.

关键词:

打分函数 折叠类型 折叠类型分类 标准模板

作者机构:

  • [ 1 ] [孔令强]北京工业大学
  • [ 2 ] [李晓琴]北京工业大学

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来源 :

生物信息学

ISSN: 1672-5565

年份: 2012

期: 2

卷: 10

页码: 125-129

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