To　explore　the　epidemic　history　of　HIV-1　CRF01_AE　in　China,　408　fragments　of　gag　gene　sequences　of　CRF01_AE　sampled　in　2002-2010　were　determined　from　different　geographical　regions　and　risk　populations　in　China.　Phylogenetic　analysis　indicates　that　the　CRF01_AE　sequences　can　be　grouped　into　four　clusters,　suggesting　that　at　least　four　genetically　independent　CRF01_AE　descendants　are　circulating　in　China,　of　which　two　were　closely　related　to　the　isolates　from　Thailand　and　Vietnam.　Cluster　1　has　the　most　extensive　distribution　in　China.　In　North　China,　cluster　1　and　cluster　4　were　mainly　transmitted　through　homosexuality.　The　real　substance　of　the　recent　HIV-1　epidemic　in　men　who　have　sex　with　men(MSM)　of　North　China　is　a　rapid　spread　of　CRF01_AE,　or　rather　two　distinctive　natives　CRF01_AE.　The　time　of　the　most　recent　common　ancestor　(tMRCA)　of　four　CRF01_AE　clusters　ranged　from　the　years　1990.9　to　2003.8　in　different　regions　of　China.　This　is　the　first　phylogenetic　and　temporal　dynamics　study　of　HIV-1　CRF01_AE　in　China.