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刘岳 (刘岳.) | 徐海松 (徐海松.) | 乔辉 (乔辉.) | 李晓琴 (李晓琴.)

收录:

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摘要:

蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容。双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型。选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM)。将Astral1.65中序列一致性小于95%的9 505个样本作为检验集,整体识别敏感性为93.9%,特异性为82.1%,MCC值为0.876。结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,分类建模可以实现较高准确率的识别。

关键词:

RMSD 双绕蛋白质 折叠类型识别 系统聚类 隐马尔科夫模型

作者机构:

  • [ 1 ] 北京工业大学生命科学与生物工程学院

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来源 :

生物信息学

年份: 2010

期: 01

卷: 8

页码: 1-6

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