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李晓琴 (李晓琴.) | 仁文科 (仁文科.) | 刘岳 (刘岳.) | 徐海松 (徐海松.) | 乔辉 (乔辉.)

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摘要:

蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础.目前的蛋白质折叠类型分类基本上靠专家完成,不同的库分类并不相同,迫切需要一个建立在统一原理基础上的蛋白质折叠类型数据库.本文以ASTRAL-1.65数据库中序列同源性在25%以下、分辨率小于2.5的蛋白为基础,通过对蛋白质空间结构的观察及折叠类型特征的分析,提出以蛋白质折叠核心为中心、以蛋白质结构拓扑不变性为原则、以蛋白质折叠核心的规则结构片段组成、连接和空间排布为依据的蛋白质折叠类型分类方法,建立了低相似度蛋白质折叠分类数据库--LIFCA,包含259种蛋白质折叠类型.数据库的建立,将为进一步的蛋白质折叠建模及数据挖掘、蛋白质折叠识别、蛋白质折叠结构进化研究奠定基础.

关键词:

低相似度 折叠核心 折叠类型分类 数据库 蛋白质折叠

作者机构:

  • [ 1 ] [李晓琴]北京工业大学
  • [ 2 ] [仁文科]北京工业大学
  • [ 3 ] [刘岳]北京工业大学
  • [ 4 ] [徐海松]北京工业大学
  • [ 5 ] [乔辉]北京工业大学

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相关关键词:

来源 :

生物信息学

ISSN: 1672-5565

年份: 2010

期: 3

卷: 08

页码: 245-247,253

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