采用分子对接,分子动力学(MD)模拟和分子力学/泊松-波尔兹曼溶剂可有面积方法与分子力学/广义伯恩溶剂可及面积方法(MM-PBSA/MM-GBSA),预测两种N-取代吡咯衍生物与HIV-1跨膜蛋白gp41疏水口袋的结合模式与作用机理.分子对接采用多种受体构象,并从结果中选取几种可能的结合模式进行MD模拟,然后通过MM-PBSA计算结合能的方法识别最优的结合模式.MM-PBSA计算结果表明,范德华相互作用是结合的主要驱动力,而极性相互作用决定了配体在结合过程中的取向.进一步的结合能分解显示,配体的羧基与gp41残基Arg579的静电相互作用对结合有重要贡献.上述工作为进一步优化N-取代吡咯衍生物...