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张小轶 (张小轶.) | 刘斌 (刘斌.) | 何红秋 (何红秋.) | 杨东 (杨东.) | 王存新 (王存新.)

收录:

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摘要:

应用遗传算法相似性程序(GASP),以作用于Ⅰ型人类免疫缺陷病毒(human immun-odeficiency virus type 1,HIV-1)整合酶(IN)的二酮酸类(diketoacids,DKAs)抑制剂构建药效团模型.所选训练集分子均具有可靠的类药性特征及DKAs药效团特征.尝试将抑制剂与药效团叠合后的构象和抑制剂与IN的对接构象进行叠合,得到药效团模型与分子对接构象中IN残基的相对位置,并基于抑制剂的药效团模型特征与周围IN氨基酸残基位置的匹配情况进行药效团特征的修改.所得最优药效团由1个疏水特征、3对氢键特征和1个氢键供体特征组成.该药效团的命中物质量(goodness of hit,GH)为0.56,产出率(Y)达63.6%,假阳性率(FP)为0.41%.该药效团具有较好的置信度,产出率较高而假阳性率较低,可用于数据库搜索发现新的具有DKAs药效团特征的活性化合物,也可为先导化合物的改造提供帮助.

关键词:

二酮酸类 人类免疫缺陷病毒 抑制剂 整合酶 药效团 遗传算法相似性程序

作者机构:

  • [ 1 ] [张小轶]北京工业大学
  • [ 2 ] [刘斌]北京工业大学
  • [ 3 ] [何红秋]北京工业大学
  • [ 4 ] [杨东]北京工业大学
  • [ 5 ] [王存新]北京工业大学

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来源 :

物理化学学报

ISSN: 1000-6818

年份: 2009

期: 5

卷: 25

页码: 817-824

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