蛋白质分子间相互作用与识别是当前生命科学研究的热点,分子对接方法是研究这一问题的有效手段.为了推进分子对接方法的发展,欧洲生物信息学中心组织了国际蛋白质复合物结构预测(CAPRI)竞赛.通过参加CAPRI竞赛,逐步摸索出了一套用于蛋白质复合物结构预测的集成蛋白质-蛋白质分子对接方法HoDock,它包括结合位点预测、初始复合物结构采集、精细复合物结构采集、结构成簇和打分排序以及最终复合物结构挑选等主要步骤.本文以最近的CAPRI　Target　39为例,具体说明该方法的主要步骤和应用.该方法在CAPRI　Target　39竞赛中取得了比较好的结果,预测结构Model　10是所有参赛小组提交的36...