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氨基酸残基取代矩阵是影响多序列比对效果的重要因素,现有的取代矩阵对低相似序列的比对性能较低.在已有的BLOSUM取代矩阵算法基础上,定叉了基于蛋白质折叠核心结构的序列一结构数据块;提出一种新的基于全α类蛋白质折叠核心结构的氨基酸残基取代矩阵--TOPSSUM25,用于提高低相似度序列的比对效果.将矩阵TOPSSUM25导入多序列比对程序,对相似性小于25%的一组四螺旋柬序列.结构数据块的测试结果表明,基于TOPSSUM25的多序列比对效果明显优于BLOSUM30矩阵;基于一个BAIiBASE子集的比对检验也进一步表明,TOPSSUM25在全α类蛋白质的两两序列比对上优于BLOSUM30矩阵.研究结果可为进一步的阐明低同源蛋白质序列-结构-功能关系提供帮助.
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