海量生物数据的涌现,使得通过数据分析和理论方法探索生物机理成为理论生物学研究的重要途径.特别是对于基因的复杂的功能系统,建立基因网络这种理论方法的意义更为突出.Bowers在蛋白质相互作用的分析中引入了高阶逻辑关系,从而建立了系统发生谱数据的逻辑分析(LAPP)的系统方法.LAPP和通常建立模型的方法不同,它给出了一个从复杂网络的元素(或部件)的表达数据出发,通过逻辑分析,找到元素之间逻辑关联性的建模方法.这种方法能够从蛋白质表达谱数据出发,利用信息熵的算法发现两种蛋白质对一种蛋白质的联合作用,对于发现蛋白质之间新的作用机理有重要意义.由于涉及功能的基因组通常是一个大的群体构成的系统,因此LAPP方法也是一个生成复杂的基因逻辑网络的方法.基因逻辑网络的建立,方便实现通过逻辑调控进行基因调控的目的.这种方法可以应用在很多方面,如物种进化、肿瘤诊疗等等.系统阐述并分析了LAPP方法,并指出其在方法和应用方面的新进展以及评述.