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李玉鑑 (李玉鑑.) | 徐立业 (徐立业.)

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摘要:

为了解决传统不加权算术平均组对方法(unweighted pair group method with arithmetic mean,简称UPGMA)存在的"tie trees"问题,通过改进UPGMA,提出了不加权算术平均组群方法(unweighted multiple group method with arithmetic mean,简称UMGMA),从理论和应用上证明了UMGMA能产生唯一的进化树,并且在UPGMA树唯一时,UMGMA树和UPGMA树在不计分支次序时完全相同,解决了UPGMA树的唯一性问题.与UPGMA不同之处在于,UMGMA反复利用极大紧邻子树上的顶点把多个距离最近的种群进行合并,因此在UPGMA产生的二叉树不唯一时,UMGMA能产生一棵具有唯一拓扑结构的多叉树.通过适当选择大于0的容差参数,UMGMA还可以在不同的宏观层次上产生容差进化树,以突出物种较多时进化树的整体脉络.

关键词:

不加权算术平均组对方法 二叉树 多叉树 数据处理 系统发育分析

作者机构:

  • [ 1 ] [李玉鑑]北京工业大学
  • [ 2 ] [徐立业]北京工业大学

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来源 :

北京工业大学学报

ISSN: 0254-0037

年份: 2007

期: 12

卷: 33

页码: 1333-1339

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