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沈龙珠 (沈龙珠.) | 李春华 (李春华.) | 马晓慧 (马晓慧.) | 常珊 (常珊.) | 陈慰祖 (陈慰祖.) | 王存新 (王存新.)

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摘要:

在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数.对来自CAPRI benchmarkl中17个Other类复合物例子进行打分测试.结果表明,组合打分能够刻画出Other类型复合物单体间相互作用的特征,反映出复合物形成前后的能量变化,具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力.相对于残基成对势(RP),该组合打分获得了更高的打分成功率.对CAPRI第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序,该组合打分也体现出强于RP的鉴别有效结合模式潜力.

关键词:

CAPRI Other类复合物 原子接触能 打分函数 残基成对势

作者机构:

  • [ 1 ] [沈龙珠]北京工业大学
  • [ 2 ] [李春华]北京工业大学
  • [ 3 ] [马晓慧]北京工业大学
  • [ 4 ] [常珊]北京工业大学
  • [ 5 ] [陈慰祖]北京工业大学
  • [ 6 ] [王存新]北京工业大学

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来源 :

物理化学学报

ISSN: 1000-6818

年份: 2006

期: 5

卷: 22

页码: 622-626

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