分析了包含静电能　(Δ　Eele)、去水化自由能　(Δ　GACE)以及范德华能　(Δ　Evdw)的打分函数在蛋白质蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对　17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明,包含范德华能的打分函数(Δ　Eele+Δ　GACE+Δ　Evdw)比通常的打分函数(Δ　Eele、Δ　GACE、Δ　Eele+Δ　GACE、Δ　Eele+Δ　Evdw、Δ　GACE+Δ　Evdw)具有更好的区分近天然构象的能力.进一步的研究表明,优化(　EM)对接体系后再进行打分,上面几种打分函数对对接结构的评价效果都有不同程度的改善,其中打分函数(Δ　Eele+Δ　GACE+Δ　Evdw)有更明显的改善.为了进一步确定候选结构中的近天然构象,以一种蛋白质复合物为例,对候选结构进行分子动力学(　MD)模拟,根据　MD轨迹中构象相对于初始构象的平方平均偏差(　MSD)随时间的变化来辅助打分函数排除错误构象,得到了较好的结果.