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边界元法与广义Langevin动力学相结合的模拟方法
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提出了将水化力加到广义Langevin方程中的新的模拟方法(GLDBEM).水化力通过边界元方法 (BEM)求出,包括溶质分子与表面诱导电荷的Coulomb相互作用和溶剂对分子表面的压力,摩擦记忆函数采用指数模型.以环苞霉素A(CPA)为研究对象,并将GLDBEM模拟结果与分子动力学(MD)模拟和通常的随机动力学(SD)模拟结果作了比较.结果表明GLDBEM模拟方法对研究分子的结构和动力学性质均比SD模拟有明显改善.
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来源 :
科学通报
ISSN: 0023-074X
年份: 2000
期: 14
卷: 45
页码: 1482-1486
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