自然保护区生态补偿机制大致可以分为政府补偿和市场补偿两大类型，建立政府主导型生态补偿机制，首先，政府要加快自然保护区生态补偿的立法调整，其次，在主体功能区建设和生态补偿政策推行过程中，应充分发挥政府的主导作用，引入市场机制作为生态补偿机制建设的有益补充，其主要方式包括:“资金横向转移”的补偿方式，利益双方的博弈与协商，即市场化交易方式。总体来说在市场经济条件下，要积极引入市场机制，面向社会创立多渠道且有效的资金筹措机制，凭借经济手段缓解保护区经费拮据的局面。同时，在生态补偿机制的实施过程中，应正确处理好政府与市场的关系，充分发挥好政府的主导作用和市场的调节作用。