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张玮 (张玮.) | 李晓琴 (李晓琴.) | 徐海松 (徐海松.) | 任文科 (任文科.)

摘要:

本文对全β类蛋白序列相似性低于25%的868个结构域进行了折叠类型分类,通过对结构域核心结构的观察,将全β类蛋白分为73种折叠类型,并以每一个结构域二级结构片段分布及长程作用特征模式为探针,构建了全β类蛋白质折叠类型探针数据库。利用待测蛋白的氨基酸残基及二级结构信息与库中所有折叠类型探针进行匹配,定义了匹配打分函数Pn,依据匹配打分值Pn值的由高到低排序进行折叠类型的识别。对随机抽取的包含14种折叠类型的125个蛋白结构域进行预测,结果表明:预测结果中Pn值最大者即为正确折叠类型的概率为51.6%,Pn值排在前十位的折叠类型包含正确折叠类型的概率为76.2%。

关键词:

全β类蛋白 折叠类型 结构域

作者机构:

  • [ 1 ] 北京工业大学生命科学与生物工程学院

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来源 :

年份: 2007

语种: 中文

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