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一种可用于微滴数字PCR的微滴制备方法，配制PCR水相，PCR水相包括上游引物、下游引物、PCR模板、PCRmix、以及双蒸水；将上述药品以此均匀混合，作为反应水相备用；将上游引物、下游引物、PCR模板、PCRmix依次均匀混合，滴加双蒸水后将溶液体系作为反应水相备用；配制PCR油相，将丙三醇、Trition X-100、Tween-80、壬基苯基醚IgelCO520依次均匀混合；取1体积水相PCR加到2体积的PCR油相中，涡旋搅拌并反应，得到油包水微滴；本发明提供的制备方法，可便捷地配制具有颗粒均匀、热力学性能稳定的油包水反应微滴，简便了微滴数字PCR实验的操作。
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