本发明涉及三维定量构效关系模型的构建方法，具体涉及以HIV-1抑制剂分子为基础的三维定量构效关系模型的建立及一致性模型构建，属于生物信息技术领域。本发明选用HIV-1抑制剂分子进行3D-QSAR及一致性模型研究，目的在于挖掘抑制剂的结构与其抗HIV活性的关系。本发明方法是基于抑制剂的化学特征(如亲水、疏水、静电、极性、三维结构等)建立数学模型来预测具有类似结构化合物的生物活性。本发明的一致性模型在三种3D-QSAR模型的基础上采用统计学方法构建，旨在进一步提高模型的预测能力。本发明所获得的模型可以更好地预测化合物的抗HIV活性，提高预测全新化合物抑制HIV活性的准确度，和其他方法相比提高了药物发现的效率，降低了药物发现的成本。