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一种基于DNA稳定同位素核酸探针技术同时鉴定短程反硝化菌和三氯生降解菌的方法，属于污水生物处理技术及微生物生态学技术领域。该方法包括如下步骤：(1)基于颗粒污泥的短程反硝化系统的启动以及三氯生在该系统中的生物去除；(2)进行13C‑丙酸钠和13C‑三氯生同位素微宇宙实验；(3)采用基于氯化铯密度梯度溶液的超高速离心方法分离重层DNA；(4)进行DNA标记程度评价及菌群结构分析。本发明基于DNA稳定同位素核酸探针技术同时鉴定短程反硝化颗粒污泥系统中活性短程反硝化菌和三氯生降解菌的方法，可探究并揭示一种能同时实现短程反硝化以及三氯生去除的微生物，为实际污水处理厂短程反硝化去除三氯生过程提供理论支撑。
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