为探究运行模式对菌藻共生颗粒污泥系统的影响,采用序批式反应器(SBR)和连续流反应器(CSTR)启动菌藻共生颗粒污泥系统,并分析两个系统中藻类含量、污染物去除性能以及微生物的差异.结果表明两种运行模式下的菌藻共生颗粒污泥中藻类空间分布不同,SBR　运行模式下藻类充当内核,细菌主要分布在外层,颗粒在外界环境变化时更易解体,而　CSTR　运行模式下藻类均匀分布在整个颗粒,丝状菌能够作为骨架网捕悬浮藻类和细菌参与造粒过程,有利于富集藻类和污泥的快速颗粒化.两种运行模式下总无机氮(TIN)去除途径有所差异,SBR中主要由功能细菌去除,而CSTR中存在亚硝酸盐氧化菌(NOB)的抑制,藻类的同化作用为主要去除途径,且对TIN的去除性能更好.CSTR运行模式下系统对化学需氧量(COD)、总磷(TP)以及TIN的去除率在实验末期能够达到96%、96%、60%左右.两种运行模式下微生物群落存在差异,CSTR运行模式下系统中藻类种类更多、丰度更高,而SBR运行模式下系统中功能细菌种类更多.