一种短程硝化同步厌氧氨氧化耦合硫自养反硝化实现发酵类废水深度脱氮除硫的方法与装置，属于工业废水生物处理领域。经厌氧消化的发酵类废水先进入短程硝化同步厌氧氨氧化‑SBR系统，采用厌氧‑好氧的运行模式，厌氧段反硝化菌、异养菌捕获碳源和去除上周期剩余NOx‑‑N，好氧段通过低DO、PLC自控等手段维持稳定的短程硝化，为聚氨酯海绵填料上的AnAOB提供合适的NO2‑‑N/NH4+‑N比例。其排水和一定质量浓度的S2‑‑S溶液一同泵入UASB反应器，硫自养反硝化菌对厌氧氨氧化生成的11％NO3‑‑N及残余的NO2‑‑N进行深度脱氮，并将S2‑‑S控制在S0‑S阶段而实现硫素资源化、无害化。本发明实现了发酵类废水自养脱氮过程，又具有处理高效、成本低廉、污泥可出售及无二次污染等优点。