本发明公开了一种磷酸盐介导的磷灰石自组装方法及其应用，制备方法为：S1、配置适宜浓度的聚电解质化合物溶液、钙离子溶液、正磷酸根离子溶液、焦磷酸根离子溶液、碱性磷酸酶溶液；S2、向I型胶原溶液中依次加入钙离子溶液、聚电解质化合物溶液、焦磷酸根离子溶液、正磷酸根离子溶液、碱性磷酸酶溶液；S3、依次添加完各个溶液后，调节pH至8‑9，然后加去离子水至体积为I型胶原溶液体积的3‑5倍，静置反应25‑35min得到矿化骨基质溶液；S4、调节矿化骨基质溶液的pH至7‑8，静置反应24‑32h得到初产物；S5、初产物除杂后浓缩至原体积的10％‑20％，得到骨基质矿化液，将骨基质矿化液0℃以下冷冻成型12‑24h后取出，干燥得到具有多层花朵样磷灰石空间矿化结构的矿化骨基质材料。