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基于氨基酸‑核苷酸成对偏好性信息的蛋白质上与RNA结合模块的预测方法，属于蛋白质‑RNA相互作用与识别技术领域。第一步，以蛋白质三维结构中的每个氨基酸残基为中心，将与之有接触的所有残基划分为一个模块；然后剔除所有的不包含任何表面残基的内部模块，保留至少含有一个表面残基的表面模块；第二步，对表面模块定义三个参数：模块的界面偏好性模块内部接触面积Q和模块溶剂可接近表面积A，计算三者的乘积值PPQA，并将模块按照PPQA值由高到低进行排序，排在前两位的模块被识别为蛋白质上RNA可能的结合模块。该方法识别非核糖体RNA结合单链蛋白质上的结合模块有很好的效果，成功率较高。
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