好氧吸磷与半短程硝化耦合厌氧氨氧化双颗粒污泥系统深度脱氮除磷的方法属于污水生物处理领域。该系统包括城市污水原水水箱，A/O　SBR反应器，Anammox　SBR反应器，PLC控制箱，计算机。城市污水首先进入A/O　SBR反应器，进行厌氧释磷反应，控制DO<　0.2mg/L，反应结束后开始曝气，进行好氧吸磷与半短程硝化，通过计算机输出控制硝化过程，反应完成后静置沉淀，排水进入Anammox　SBR反应器，进行厌氧氨氧化作用，反应结束后静沉排水，采集出水氨氮和亚硝态氮浓度，根据其调整反应时间。本发明充分发挥了颗粒污泥和自养脱氮的优势，通过在线实时控制，优化系统运行，自动化程度高，可控性好，可实现低C/N生活污水的深度脱氮除磷。