本发明提供的一种面向高性能计算的多FPGA互联结构，包含两级通讯互联网络：本地通讯互联网络和全局通讯互联网络。所述本地通讯互联网络为全互联结构，各FPGA节点可直接与在同一本地通讯互联网络中的其它FPGA节点通信；所述全局通讯互联网络为高速通讯互联通道，用于各本地通讯网络之间的通讯；本发明提供的一种面向高性能计算的多FPGA逻辑划分方法，包括如下步骤：(1)集群结构参数初始化；(2)逻辑资源映射；本发明所提供的多FPGA互联结构及逻辑划分方法，充分利用了大规模计算“局部性”及“异构性”的特点，将拓扑结构和逻辑划分算法相结合，降低系统通信互联开销，实现大规模设计向多FPGA高性能计算平台的快速、高效映射，加速高性能可配置计算系统的设计实现。