本发明属于给水净化领域。具体涉及到一种高铁高锰地下水高效生物净化滤层及净化方法。所述的滤层由石英砂或者锰砂和铺设于石英砂或者锰砂之上的无烟煤构成；石英砂层或者锰砂层的厚度为100～120cm，粒径为0.6～2.0mm；所述的无烟煤层的厚度为20～40cm；粒径为1-2mm。滤层净化高铁高锰地下水的方法步骤：在普通的下向流滤池底部的承托层之上依次铺设石英砂层或者锰砂层和无烟煤层；接种铁锰氧化菌：滤池经过接种后，采用低滤速、弱反冲洗强度运行，至滤层出水铁浓度小于0.3mg/L，锰浓度小于0.1mg/L且稳定，此后，逐渐提高滤速至5-6m/h的滤速，反冲洗周期24h-36h，反冲洗时间3-5min，反冲洗强度10-12L/(m2·s)。本发明为高铁高锰地下水提供了一种高效经济的生物净化滤层和净化方法。