本发明涉及一种多糖的微波降解方法。该方法是配制多糖浓度为5～150g.L-1的溶液，加入酸，使多糖中酸的浓度为0.1～2.5mol.L-1；将该溶液置入微波发生器中，调节微波功率为50～300W，在10～90℃下进行降解，时间为1～30min；用碱中和多糖溶液至pH＝7，用透析法除去生成的小分子盐类，冻干，得到低聚多糖。上述多糖选自植物、动物和微生物，其数均分子量为5KDa～2000KDa。植物多糖选自枸杞多糖、甘草多糖、虫草多糖、苦瓜多糖等；动物多糖选自壳聚糖、肝素；微生物多糖选自香菇多糖、黑木耳酸性杂多糖、茯苓多糖、裂褶多糖等。本发明工艺简单，流程短，成本低廉，污染小。通过该方法可以得到具有特定分子量区段的各种多糖，将其应用于临床，可以大幅度提高多糖的生物利用率。